KmerDijon Mini-symposium

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Programme du mini-symposium “K-mer days 2024– méthodes k-mer pour la transcriptomique” de l’ANR Full-RNA (ANR-22-CE45-0007)

Séminaire k-mer days

Les 28 et 29 février 2024 au Centre Régional De Lutte Contre Le Cancer Georges-François Leclerc (CGFL) de Dijon

• CGFL, 1 Rue du Professeur Marion, 21000 Dijon

• Organisateurs:
  • Camille Marchet
  • Florian Ingels
• Notre hôte : Caroline Truntzer (Merci beaucoup à elle)

Programme

Mardi 27/02 Arrivées en début de soirée

• Repas/post-repas collectif

Mercredi 28/02

• 9h00 - 9h30: Accueil café au CGFL
• 9h30 - 9h45: Mots d’introduction par les organisateurs et le coordinateur
• 9h45 - 10h15: Grands index de k-mers : où en est-on? - Camille Marchet et Florian Ingels, CRIStAL Université de Lille CNRS
• 10h15 - 11h: Présentation invitée : DiffSegR: An RNA-Seq data driven method for differential expression analysis using changepoint detection - Arnaud Liehrmann, Laboratory of Computational and Quantitative Biology, Sorbonne Universités
• 11h – 11h30: Présentations des nouveaux arrivants (sites : CRIStAL Lille, CRCT Toulouse, I2BC Saclay, IRMB Montpellier, et invités)
• 11h30 – 12h30: Travaux en groupes
• 12h30 - 14h00: Repas sur place
• 14h - 14h45: Walking Through the Universe of Tumor-Specific RNAs with k-mers - Daniel Gautheret, Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), Université de Paris Saclay
• 14h45 - 15h15: Recherche d’événements de fusions à partir des k-mers - Sandra Dailhau et Stéphane Pyronnet, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), INSERM Toulouse
• 15h15 - 17h30: Travaux en groupe Ateliers
• 18h - 21h – Temps libre, repas collectif à la Brasserie des Loges, 8 Pl. du Théâtre, 21000 Dijon

Jeudi 29/02

• 9h00 - 9h30: Accueil café
• 10h30 - 10h: Work in progress for peta-scale sequence exploration - Rayan Chikhi, Institut Pasteur Paris
• 10h - 10h30: Quelles questions biologiques aborde t-on avec les k-mers dans le groupe bio2M, bilan et perspectives - Thérèse Commes, IRMB, MTP
• 10h30 – 10h50 scRNA-seq data exploration using kmers & merging k-mer for biological exploration - Ugo Szachnowski, Institut Curie, Paris
• 11h10 - 12h Travaux en groupes
• 12h - 13h30 Repas sur place
• 13h30 - Jusqu’à l’heure des départs, travaux en groupe

Documents

• Les documents sont en accès restreint pour les participants
• Liste participants avec email

Equipes

Paris-Saclay - I2BC

• Daniel Gautheret
• Mélina Gallopin
• Hugues Herrmann
• Safa Maddouré
• Ugo Szachnowski
• Marc Gabriel

Lille - CRIStAL

• Mikael Salson
• Camille Marchet
• Antoine Limasset
• Florian Ingels
• Léa Vandamme
• Thomas Baudeau
• Igor Martayan
• Caleb Smith

Pasteur

• Rayan Chikhi
• Charles Paperman
• Yoann Dufresne
• Francesco Andreace
• Camila Duitama
• Gaëtan Benoit
• Yoshihiro Shibuya
• Timothé Rouzé

Montpellier - Bio2M

• Thérèse Commes
• Nicolas Gilbert
• Jerome Reboul
• Benoit Guibert
• Anthony Boureux
• Raïssa Lorena
• Camelia Sennaoui

Toulouse - CRCT

• Stéphane Pyronnet
• Chloé Bessière
• Sandra Dailhau

Montpellier - IRD

• Julie Orjuela

Rennes - Inria/GenScale

• Victor Levallois

University of Bielefeld

• Lucas Robidou

Dijon - CGFL

• Caroline Truntzer

Paris/LCQB and Robert Koch Institute, Berlin

• Arnaud Lierhmann