KmerSete mini-symposium

Groupe

Séminaire k-mer days

Vue Mer

Vue Plage

9h00-9h20 : Accueil
9h20-9h45 : Introduction, Tour de table
9h45-12h30 : Bilan de l’ARN Transipedia/ARNfull-RNA/Méthodologies Part1
- 9h45-10h15 : Chloé Bessière, Thérèse Commes (IRMB/CRCT Toulouse) CCLE: Bilan Reindeer et applications de requêtes par k-mers (cohorte CCLE)
- 10h15-10h30 : Daniel Gautheret, présentation ARN_Full-RNA ARN
10h45-12h30 : Méthodologies (Equipe Lille) (part1/visio)
- 10h45-11h : Camille Marchet - Pistes pour Reindeer 2
- 11h15-11h45 : Charles Paperman - Outil de visualisation pour les de Bruijn graphs et les unitig graphs
- 12h-12h15 : Léa Vandamme - Kmer2Reads an associative index for Third Generation Sequencing data
- 12h15-12h30 : Florian Ingels - Méthode de compression des arbres
12h30-13h00 : Restitution commune sur le thème bilan des méthodologies part 1
13h-14h30: Déjeuner
14h30- 17h : Exposés - Nouvelles méthodologies (partie 2)
- 14h30-14h50 Pierre et Lucas: Indexing large metagenomic projects with abundances
- 14h50-15h10 Khodor : Titre à déterminer
- 15h10-15h30 Victor : The backpack Quotient Filter, a different use of fimpera for Quotient Filter
- Discussion 15min
- 15h45-16h15 Ugo Schachnowski: kmers for single cell data (Paris-Saclay+Curie)
- 16h15-16h45 Callum Burnard - Présentation
16h45-17h30 : Restitution commune sur le thème Nouvelles méthodologies/Discussions
17h30-19h: Baignade/ Balade bord de mer
19h-20h : Apéro et Discussion
20h : Repas du séminaire

8h30 : Accueil
9h-12h30 : Exposés - Applications/discussion
- 9h-10h : Eq Daniel: Safa/Hugues
  - Safa Maddouri: parallel parsing of large count tables for feature selection
  - Hugues Herrmann : clustering k-mers into biological features
- Pause café/discussion 30 min
- 10h30-11h Nicolas Gilbert: Kmers and transposable Element (MTP)
- 11h-11h30 Raissa Approches par k-mers et ML
- 11h30-12h Eq Stephane Pyronnet approches par k-mers dans les LAM
  - Sandra Finding mutation with kmers
  - Stephane Application in AML
12h-13h : Applications/discussion
13h-14h : Déjeuner
14h–15h : Restitution commune sur le thème Applications et perspectives en recherche biomédicale et 1er départs
15h-16h : Travaux en groupes - suivant les horaires de départ