KmerToulouse Mini-symposium

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Programme KMERS DAYS du 11 au 13 mai 2026

au Domaine du Lazaret à Sète.

• Organisateurs:
  • Thérèse Commes

lundi 11 mai arrivée de 16h à 18h30 repas du soir Discussion

Mardi 12 mai

Session1: Méthodologie : le point sur les structures d’indexation

• 9h15 : Camille Reindeer 800K (VISIO)
• 9h45 : Yohan + Antoine Clustered index(Y) and global methodological update(A)
• 10h15-10h30 Pause
• 10h30-12h :
  • Rayan : Status de Logan v1,2 (VISIO)
  • Timothé : Présentation
• 11h30-13h : Discussion : Bilan Session 1
• 13h Repas

Session2: Data, Tests des Structures d’indexation, Structures de Requête

• 14h-15h :
  • Daniel : What to do with 1M human RNAseq ?
  • Fiona : SRA metadata classification & clustering, update on 1M samples
  • Lilia : Discovery of tumor driver signatures using Logan
• 16h-16h15 Pause
• 16h-17h30 :
  • Lucas : Reindeer 2/3
  • Chloé : Reindeer 2
  • Pierre : Logan Search
  • Thérèse : Transipedia (bilan)
• 17h30-18H30 Table Ronde Le Futur des structures de requêtes (Transipedia 2)
• 18h30-20h Pause libre balade Sétoise
• 20h Repas

mercredi 13 mai

Session 3 : Applications du transcriptome et des kmers

• 9h30 : Yuna CircRNA and their regulatory roles in tumor heterogeneity and treatment resistance
• 10h-10h30 :
  • Florence Les kmers pour le diagnostic des AML
  • Jean-Baptiste Stratégie d’exploration génétique des leucémies aiguës au diagnostic au CHU Montpellier
• 10h30-11h Pause
  • Stéphane ScanR’n, identification et quantification par comptage k-mer de transcrits non- annotés”
  • Anthony/Jerome Est-ce que l’IA peut interpréter les données de transcriptomes ?
• 12h-15h Repas et discussion Bilan des 2 jours, les projets à construire

Documents

• Les documents sont en accès restreint pour les participants
• Liste participants avec email

Equipes

Paris-Saclay - I2BC

• Daniel Gautheret
• Mélina Gallopin
• Fiona Hak
• Lilia Estrada-Virruet

Lille - CRIStAL - Bonzai

• Camille Marchet (Visio)
• Antoine Limasset
• Yohan Hernandez-Courbevoie
• Lucas Robidou

Pasteur

• Rayan Chikhi (Visio)
• Thimothé Rouze
• Raphael Malak
• Yoshihiro Shibuya

Montpellier - IRMB - Bio2M

• Thérèse Commes
• Nicolas Gilbert
• Jerome Reboul
• Benoit Guibert
• Anthony Boureux
• Florence Rufllé
• Chloé Bessière
• Camelia Sennaoui
• Mouhame Sow
• Janice Navarro

Montpellier - CHU

• Jean Baptiste Gaillard

Montpellier - Lirmm - MAB

• Alban Mancheron

Toulouse - CRCT

• Stéphane Pyronnet

Rennes - Inria

• Pierre Peterlongo

Rennes - IGDR

• Yuna Blum